La boîte à outils du thésard un peu geek

Blog "Scenopoésie et Facteur d’impact" | 9 juin 2011 | par Timothée
jeudi 16 juin 2011
par  antonin
5 votes

Depuis quelques mois, je suis en train de rédiger ma thèse. ça n’a l’air de rien comme ça, mais ça demande une certaine organisation (et je suis tout, sauf un adepte de l’organisation). Par contre, je suis un indécrottable geek, ce qui fait que pour tout problème, j’ai une solution qui traîne !

 La rédaction

En ce qui concerne la rédaction, j’ai fait le choix de LaTeX, un système de formatage et de mise en page de documents. Pour une raison simple : c’est le plus fort. LaTeX fait tout ce dont on a besoin pour un document scientifique : équations, références, figures, tableaux, pour commencer. Avec un peu de bidouillage léger, on peut facilement faire des endacrés de texte, ce qui est toujours du meilleur effet. Et c’est sans compter qu’on peut utiliser la plus merveilleuse police qui soit : Minion Pro. Pour l’écriture, j’utilise TeXshop, éditeur gratuit, qui est simple mais puissant. La killer feature, est sans doute la possibilité de cliquer a un endroit du PDF pour se retrouver au bon endroit du texte, et inversement.

Où du moins, ce serait la meilleure chose que TeXshop a à offrir s’il n’y avait la possibilité de synchroniser avec Bibdesk. Bibdesk est un logiciel de gestion de reférences bibliographiques, et quand on écrit \citeDarw dans TeXshop et qu’on appuie sur F5, les deux programmes s’activent et proposent une liste des références qui correspondent (ici, bien sûr, on aura cité l’Origine des Espèces).

 Les références

Pour gérer la bibliographie, cependant, je fais confiance à Mendeley. D’une part, on peut travailler sur des documents OpenOffice ou Word (quoiqu’à ce stade on en vient à faire un profond travail d’introspection). Mendeley s’occupe de ranger les PDF, on peut partager facilement les références avec des collègues/amis/étudiants, et contre une assez modique somme, les PDF sont tous recopiés sur le cloud. J’ai eu utilisé DropBoxpour le même usage, mais avec un dossier qui s’affiche à plus de 1.7 Go sur la balance, la limitation à 2Go de DropBox rendait cette solution impraticable.

Mendeley possède aussi quelques caractéristiques qui le font ressembler à Papers. Il est capable d’extraire les méta-données des PDF qu’on télécharge, s’insère parfaitement dans GoogleChrome, et permet aussi de gérer sa liste de publications en ligne, et de savoir combien de personnes lisent et téléchargent vos œuvres. Même si l’outil n’est pas parfait (toujours en version β), j’ai trouvé pour la première fois depuis 4 ans une solution de gestion de la bibliographie qui me satisfait. Et quand on sait le temps que les chercheurs passent à chercher, trouver, lire, ranger des papiers, c’est une question de survie !

Pourquoi avoir mentionné Bibdesk quelques paragraphes plus haut, alors ? Simplement parce que Mendeley possède une option qui lui permet de maintenir en permanence en fichier .bib, soit le format de bibliographie reconnu par LaTeX et utilisé par Bibdesk. Bibdesk possédant une option qui lui permet d’ouvrir pa défaut toujours le même fichier au démarrage, il me suffit de lancer Bibdesk pour avoir accès, depuis TeXshop, à ma bibliographie.

 La sécurité

Vous avez déjà perdu une version de quelque chose d’important ? Ca énerve, d’autant plus qu’il y a des façons d’éviter ça. En ce qui concerne mon manuscript de thèse, j’ai une triple sauvegarde (en plus de la version qui est sur mon MacBook air, le meilleur ami de l’homme). Dropbox d’un côté, TimeMachineen parallèle (et à ce propos, surtout si vous voyagez, n’hésitez pas a investir dans un disque dur : j’en ai épuisé deux ces 8 derniers mois). Et pour la troisième version de la sauvegarde, ça devient plus geek. J’ai mis en place un serveur (gratuit, mais limité à 100 Mo) subversion (SVN) sur Beanstalk. Subversion, c’est un système qui permet de sauvegarder des versions successives de documents, que j’utilise aussi pour le développement de packages R.

En général, je conclus mes matinées et mes soirées par un commit, qui consiste a envoyer sur le serveur les nouvelles versions des documents modifiés. C’est la que j’ai un peu craqué mon porte-monnaie, en m’offrant le duo de choc Versionset Kaleidoscope. Versions prend en charge la communication avec le serveur SVN, avec une interface facile a prendre en main (parce que autant passer trois heures face à un terminal pour faire de la science ne me fait pas peur, autant faire la même chose pour envoyer trois fichiers sur un serveur me rend fou – simplifions nous l’existence…). Kaleidoscope, c’est un équivalent payant de FileMerge, qui compare deux versions d’un même fichier (et comme il est fait par les mêmes personnes, il est très bien intégré à Versions). En d’autres mots, quand je me demande ce que j’ai fait subir comme mutilations à un chapitre, il me suffit de comparer la version courante et la dernière version sur le serveur subversion, et Kaleidoscope m’indique les changements, ajouts, suppressions, avec une interface graphique de folie qui établit une fois pour toutes que le track changes de Word est un outil préhistorique.

 L’art pictural

Comme j’en parlai récemment, le plus simple pour écrire un document scientifique, c’est encore de le baser sur des données. Pour les obtenir, j’utilises bien sûr R. Le nouvel IDE qui lui est dédié, Rstudio, est probablement la meilleure chose qui soit arrivée à la communauté des utilisateurs de R depuis un sacré moment, lisez la myriade de revues positives pour en juger par vous même.

Concernant les graphiques, je suis un adepte de lattice(et je vous conseille fortementle livre qui va avec), et du package latticeExtraqui lui ajoute une foule de fonctionnalités. Le principal avantage de lattice, c’est qu’il est entièrement flexible, et qu’il permet de garder un thème consistant entre différents types de graphiques. Et aussi, qu’il peut tout faire, regardez les figures dans le lien du livre si vous voulez en prendre plein la vue.

En ce qui concerne les présentations, après avoir essayé Beamer, j’en suis resté à Keynote, équivalent OS X de PowerPoint. Donc mieux, mais je ne suis pas nécessairement objectif en matière de débat Mac vs. PC. Keynote est simple d’utilisation, a un affichage de l’intervenant qui est très abouti et configurable, et c’est tout ce qui m’importe.

 Mention spéciale à…

PostBox (sorte de Thunderbird sous stéroïdes), iAwriter (quand il faut écrire, et ne rien faire d’autre), et Stereomood. What else ?

par Timothée


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Brèves

Calendrier de la campagne 2013 de qualification universitaire

lundi 9 juillet 2012

Sur le site du ministère :

Chaque candidat doit remplir un dossier pour chacun des deux rapporteurs désignés. Ce dossier comprend :

les pièces obligatoires précisées dans l’article 4 de l’arrêté du 16 juillet 2009 modifié par arrêté du 20 août 2010 des documents complémentaires exigés par les différentes sections du CNU. Ils seront communiqués ultérieurement.

La validité de la qualification est appréciée à la date de clôture des inscriptions au concours ouvert pour chaque emploi. Les candidats à la qualification ne peuvent pas se porter candidats sur les postes dont le dépôt de candidatures serait clos avant la date de prise d’effet de leur qualification

Nouvelle politique des Préfectures sur le titre de séjours scientifiques

samedi 19 février 2011

Voici une petite réactualisation concernant les titres de séjour scientifiques transmise par Sophie Gerber (INRA) :

La Préfecture a changé de politique concernant la durée des titres de séjour scientifiques. Elle ne délivrera plus automatiquement des titres d’un an comme elle le faisait jusque là indifféremment pour les séjours inférieurs et supérieurs à un an. Dorénavant, dans le cas d’un renouvellement de titre de séjour scientifique, la durée inscrite sur la convention sera prise en compte. Ainsi si la convention dure plus d’un an le chercheur bénéficiera d’un titre pluriannuel mais si la convention dure moins d’un an, le titre de séjour expirera le même jour que la fin de la convention. J’attire votre attention sur ce dernier point qui peut s’avérer problématique pour les chercheurs.

A titre d’exemple, une convention d’accueil d’une durée de six mois donnera droit à un titre de séjour de six mois et non plus d’un an, il faudra donc anticiper les renouvellements de contrat plus de deux mois en avance sous peine de devoir recommencer la procédure de demande de convention d’accueil et de renouvellement de titre de séjour tous les six mois. Je vous rappelle qu’une convention d’accueil peut couvrir plusieurs contrats successifs et peut permettre à un chercheur de consacrer son temps et son énergie à ses recherches sans avoir à courir après sa nouvelle convention d’accueil tous les trois mois.

De plus à chaque renouvellement de sa carte de séjour, un scientifique doit s’acquitter d’une taxe OMI de 110 euros.

Recrutement 2011 de PRAG / PRCE

jeudi 2 décembre 2010

[Blog Histoires d’universités | 30/11/2010 | par Pierre Dubois]

À quoi aboutissent deux modes de gestion des ressources humaines, celui des universités autonomes passées aux “responsabilités et compétences élargies” et celui centralisé du ministère de l’Éducation nationale ? A une situation parfaitement ubuesque. La preuve : la procédure de recrutement des PRAG et des PRCE dans les universités pour l’année 2011 est lancée. On se dit que son calendrier et ses différentes étapes vont forcément coincer ici ou là.

(...)

Listes de qualifications : précision sur leur expiration

vendredi 29 octobre 2010

Depuis le décret n°2009-460, « La liste de qualification cesse d’être valable à l’expiration d’une période de quatre années à compter du 31 décembre de l’année de l’inscription sur la liste de qualification. » Ainsi, si vous avez été qualifié en janvier ou février 2007, vous restez qualifié jusqu’au 31/12/2011. Vous pouvez ainsi postuler sur les postes publiés au fil de l’eau en 2011 sans redemander une nouvelle qualification.

Campagne de recrutement ATER 2010-2011 à Paris 8

lundi 3 mai 2010

Campagne ouverte du 28 avril 2010 au 20 mai 2010 inclus

  • Université de Paris 8 à Saint Denis Des postes sont susceptibles d’être vacants dans les sections suivantes : 01, 02, 03, 05, 07, 11, 12, 16, 18, 23, 25 - 26, 27, 61, 70, 71.
  • Institut technologique de Montreuil
    Sections 61 et 27.
  • Institut Technologique de Tremblay
    Pour les sections suivantes : 71 et 11.

Pour plus d’informations et télécharger le dossier de candidature pour l’année universitaire 2010-2011

http://www.univ-paris8.fr - rubrique : enseignants – ATER

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